⑴谷粒飽滿度差。雜交稻種不飽滿粒比例大，一般占20%左右。雜交水稻在制種時(shí)，大田授粉時(shí)間長(zhǎng)達(dá)10-15天。先授粉結(jié)實(shí)的種先成熟，谷粒飽滿比重大，浸種催芽時(shí)發(fā)芽勢(shì)強(qiáng)，發(fā)芽又快又整齊，成秧率高；后授粉結(jié)實(shí)的種子在收獲時(shí)往往只是黃熟，谷粒不飽滿，催芽時(shí)根芽長(zhǎng)短不一。尤其在早春氣溫不高的情況下，許多成熟度低的種子，抗逆性弱而難以成苗。

⑵裂穎種子多。裂穎種子多是由不育系的特性決定的。一般占10-20%左右。制種時(shí)不育系有強(qiáng)勢(shì)花與弱勢(shì)花的不同，強(qiáng)勢(shì)花產(chǎn)生的種子生長(zhǎng)勢(shì)強(qiáng)，穎殼閉合度好，浸種過程中吸水慢，病菌入侵難；而弱勢(shì)花產(chǎn)生的種子穎殼閉合度差，浸種過程中吸水快，易受病菌侵染，胚乳養(yǎng)分易外滲，使種子發(fā)粘，變酸，發(fā)芽率降低。

⑶穗上芽谷種子多。一般占1-5%，嚴(yán)重時(shí)可達(dá)10%以上。由于制種時(shí)授粉時(shí)間長(zhǎng)（10-15天），如果成熟期再遇上陰雨天氣，田間濕度大，穗上芽谷種子就更多了。芽谷經(jīng)浸種催芽后，即使發(fā)芽，不久也變黃枯死，導(dǎo)致成苗率下降。

2、生產(chǎn)和貯藏過程的影響

⑴谷粒黑粉病粒相對(duì)較多導(dǎo)致發(fā)芽率降低。由于雜交稻在制種過程中，母本授粉時(shí)間長(zhǎng)，導(dǎo)致谷粒黑粉病發(fā)生較重，一般占5-10%左右，如母本授粉過程中遇到連陰雨天氣，則發(fā)病率更重，有時(shí)達(dá)到10-20%。黑粉病粒形似飽滿，其實(shí)谷殼內(nèi)部都是病原物"黑粉"，它不僅本身不能發(fā)芽，還嚴(yán)重影響其他正常種子的發(fā)芽，導(dǎo)致發(fā)芽率降低。

⑵微生物大量積累所致。目前制種過程中，九二○的使用量越來越大，從原來每畝10克增加到現(xiàn)在每畝25克左右，九二○的大量積累，破壞了成熟種子的休眠，導(dǎo)致了種子穗發(fā)芽可能性的增加；同時(shí)，還使用各種生物制劑來調(diào)節(jié)花期，以達(dá)到高產(chǎn)的目的，所以種子上殘留著大量的微生物，這些微生物不同程度威脅著種子的生命。

⑶雨天收割所致。碰到陰雨天，農(nóng)戶搶收種子心切，往往冒雨收割，由于缺少烘干設(shè)備，常把濕谷用袋、筐盛裝或堆放過夜，等第2天晾曬。這樣，很容易使種子被"燒死"或"悶死"喪失了生命力。

⑷種子不干所致。由于雜交稻種價(jià)格較高，如果遇上減產(chǎn)或收購時(shí)間偏遲或種子緊張年份，許多制種戶往往翻曬不徹底而使種子水分偏高，這樣隨著貯藏時(shí)間的延長(zhǎng)，種子發(fā)芽率必然降低。同時(shí)，高水分的種子比曬干的種子更容易發(fā)生蟲霉危害而喪失發(fā)芽能力。

3、浸種和催芽不當(dāng)

⑴浸種時(shí)間過長(zhǎng)。浸種時(shí)間長(zhǎng)，供氧不足且有害物質(zhì)積累多而影響發(fā)芽。許多農(nóng)戶至今仍然采用老方法把種子浸2天2夜甚至更長(zhǎng)時(shí)間，而且不換水不洗種，這樣長(zhǎng)時(shí)間浸種就造成了供氧不足，而且會(huì)產(chǎn)生大量有害物質(zhì)影響種子發(fā)芽，從而造成爛種。

⑵催芽方式不當(dāng)。水稻種子發(fā)芽的最適溫度為30-35℃，但有些農(nóng)戶仍常用塑料編織袋或薄膜袋包裹種子在太陽下取溫催芽。也有用編織袋裝種，放在鍋里或煤爐上利用余熱催芽，由于雜交種子呼吸旺盛，產(chǎn)生的熱量多，稍有疏忽，未能及時(shí)淋水和翻動(dòng)種子，很容易造成溫度過高而"燒芽"。

二、提高雜交稻種的發(fā)芽率措施

1、加強(qiáng)大田管理，提高稻種發(fā)芽率。在雜交稻制種時(shí)要選用抗病品種，特別是抗稻粒黑粉病的不育系，加強(qiáng)對(duì)制種田稻粒黑粉病、白葉枯病、稻瘟病、紋枯病的綜合防治；九二○的使用量要掌握適當(dāng)，只要能達(dá)到解除不育系包頸的目的即可，要避免盲目使用和過量使用；種子成熟后要及時(shí)收獲，及時(shí)翻曬，收購時(shí)要嚴(yán)格控制種子水分，堅(jiān)決做到種子水分不達(dá)標(biāo)，不收購，誰收購誰負(fù)責(zé)。

2、浸種前不提倡曬種。據(jù)有關(guān)科研部門試驗(yàn)，雜交稻種浸種前曬種，不但不能提高生活力，反而使種子發(fā)芽率有下降的趨勢(shì)，尤其是生活力較差的陳種子曬種后發(fā)芽率更是大大降低。這主要是因?yàn)榉N子曝曬后進(jìn)一步失水，尤其是裂穎種子、青谷種子細(xì)胞膜更易破裂，浸種時(shí)細(xì)胞內(nèi)含物出入失去控制導(dǎo)致發(fā)芽率下降。因此，雜交稻種浸種前最好不要曬種，相反，浸種前幾天將袋裝種子拆封，讓其自然回潮吸濕，有利于種子細(xì)胞膜的修復(fù)，有利于提高發(fā)芽率。

3、浸種前提倡清水選種。用清水選種可以將漂浮在水面上的不飽滿的青谷、秕谷、牙谷和黑粉病谷等撈去，能提高種子的發(fā)芽率，如果在種子緊張年份可以將撈去的種子單獨(dú)浸種催芽，以充分利用其中能發(fā)芽的種子。要淘汰舊的浸種催芽方法，采用日浸夜露或日濾液浸間歇換水的浸種方法。

4、雜交稻種應(yīng)進(jìn)行包衣。由于在大田制種過程中，種子帶菌很多，通過包衣，可以有效殺滅種子所攜帶的多種病菌，減少浸種催芽時(shí)病菌對(duì)種胚的侵染而提高發(fā)芽率，同時(shí)，還能有效預(yù)防或減輕惡苗病、白葉枯病、稻瘟病、稻粒黑粉病的發(fā)生。