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plasmid DNA的抽提•純化試劑盒-MagExtractor®-Plasmid

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-05-22
產(chǎn)品索引 5870
中文名稱: plasmid DNA的抽提•純化試劑盒
英文名稱: MagExtractor®-Plasmid-
產(chǎn)品編號(hào): NPK - 300

產(chǎn)品類別:

分子生物學(xué)
生產(chǎn)廠家: TOYOBO
產(chǎn)品價(jià)格: 300
產(chǎn)品規(guī)格: 50次
Nucleic Acid Purification Kit
MagExtractor
-Plasmid-
 
使用說(shuō)明書(shū)
 (Code No. : NPK - 301)
 TOYOBO CO. , LTD. Biochemical Operation Department
OSAKA JAPAN
—目錄—
[1] 前言............................................................................................................................. 1
[2] 使用前須知................................................................................................................. 1
[3] 試劑盒中所包含的物品............................................................................................. 2
[4] 操作程序..................................................................................................................... 2
         1.試劑盒以外所需要的其他物品.......................................................................... 2
              1)試劑............................................................................................................. 2
              2)器具·器材................................................................................................. 2
         2.抽提流程.............................................................................................................. 3
         3.宿主菌的培養(yǎng)...................................................................................................... 3
         4.集菌...................................................................................................................... 4
         5.試劑的制備.......................................................................................................... 5
         6.用MFX-2000抽提DNA的方法....................................................................... 5
              1)操作程序的選擇......................................................................................... 5
              2)加溫block,回收block的溫度設(shè)定....................................................... 6
              3)附帶專用過(guò)濾器的tip頭設(shè)置................................................................... 6
              4)專用試管的設(shè)置......................................................................................... 7
              5)試劑的設(shè)置................................................................................................. 8
6)樣品的前處理及其設(shè)置........................................................................... 10
7)抽提開(kāi)始................................................................................................... 11
8)樣品的回收............................................................................................... 11
9)根據(jù)操作手冊(cè)抽提plasmid DNA的方法............................................ 12
[5] 一般樣品的分析....................................................................................................... 13
1A260,A280A320的測(cè)定......................................................................... 13
2)電泳........................................................................................................... 13
3DNA測(cè)序................................................................................................. 13
[6] 疑難解答................................................................................................................... 14
1.使用MFX-2000的場(chǎng)合................................................................................... 14
2.手動(dòng)操作的場(chǎng)合............................................................................................... 14
 
 
 
注意:
       本試劑盒中所包含的試劑都是研究用試劑。請(qǐng)不要用于診斷,臨床等場(chǎng)合。在使用本試劑盒的時(shí)候,請(qǐng)嚴(yán)格遵守實(shí)驗(yàn)室的基本注意事項(xiàng),并注意安全。

 
[1] 前言
 
MagExtractor -Plasmid-利用在Chaotrpic(鹽)試劑存在的情況下,核酸能吸附在硅膠表面的特性,進(jìn)行plasmid DNA的抽提·純化。磁性體使用的是封入的磁珠,所以能夠利用永久磁石很容易地分離回收核酸。磁珠依據(jù)吸附條件,分別對(duì)蛋白質(zhì),DNA,RNA等不同物質(zhì)具有不同的吸附能力,所以能夠簡(jiǎn)便地純化核酸。本試劑盒除了作為用于全自動(dòng)核酸抽提裝置MFX-2000的試劑外,也可以作為手動(dòng)抽提試劑盒來(lái)使用。
 
性能·特征
·能夠從大腸菌中抽提·純化出plasmid DNA
·能夠回收3~6μg的plasmid DNA(50~150ng/μl)*1,可用于轉(zhuǎn)化,限制酶處理,DNA 測(cè)序反應(yīng)等。
       ·能在10~15min之內(nèi)抽提出plasmid DNA。
       ·不使用苯酚、氯仿等危險(xiǎn)溶液。
       ·無(wú)需乙醇沉淀。
 
[2] 使用前須知
 
1)注意
MagExtractor -Plasmid-準(zhǔn)備了四種對(duì)應(yīng)于MFX-2000,二種對(duì)應(yīng)于手動(dòng)的操作程序。使用對(duì)磁珠不進(jìn)行干燥處理的操作程序(手動(dòng)操作程序Ⅰ以及MFX-2000的”Speedy”和”Lowcost”等操作程序)所得到的回收液,需要注意以下幾點(diǎn)。
·對(duì)于限制酶及轉(zhuǎn)化處理,可直接加以使用。
·瓊脂糖電泳時(shí)的Loading Dye必須使用本試劑盒附帶的產(chǎn)品。使
用一般的產(chǎn)品組分時(shí),可能樣品會(huì)無(wú)法沉淀。
·當(dāng)用于DNA測(cè)序時(shí)的模板時(shí),乙醇會(huì)阻礙測(cè)序反應(yīng),可將回收液置于1.5ml試管內(nèi),保持試管打開(kāi)狀態(tài)加溫至78℃ 40min。(也可只加溫處理必要的劑量。參考13頁(yè)。)
·為了不讓乙醇混入回收液中,請(qǐng)使用手動(dòng)操作程序Ⅱ(參
考12~13頁(yè)),如果是MFX-2000的場(chǎng)合下,請(qǐng)使用”Dryup”
或”Fullauto”等操作程序。
*1 從M109/pUC19過(guò)夜培養(yǎng)液中進(jìn)行抽提的場(chǎng)合。

 
[3] 試劑盒中所包含的物品    
 
本試劑盒中含有能夠進(jìn)行500次plasmid DNA回收的試劑量。
 
   130 x 2ml........ 吸附液(含有蛋白質(zhì)變性劑)............................................ 4℃或者室溫下保存
           16ml........ 磁珠Ⅰ............................................................................. 4℃或者室溫下保存
           16ml........ 磁珠Ⅱ............................................................................. 4℃或者室溫下保存
           80ml........ 再懸浮液....................................................................................... 4℃下保存
           80ml........ 溶解液Ⅰ(含有蛋白質(zhì)變性劑)........................................ 4℃或者室溫下保存
           20ml........ 溶解液Ⅱ(含有蛋白質(zhì)變性劑)...................................................... 4℃下保存
           65ml........ 中和液............................................................................. 4℃或者室溫下保存
           60ml........ 溶出液.......................................................................................... 4℃下保存
           11ml........ 5 x Loading Dye........................................................................... 4℃下保存
 
·試劑如果沾在手或衣服上或使用后,請(qǐng)徹底用清水清洗。萬(wàn)一不慎進(jìn)入眼睛,立刻
用清水徹底清洗,然后去看醫(yī)生。
·溶解液Ⅰ有時(shí)會(huì)產(chǎn)生析出物。請(qǐng)?jiān)谑覝亍?/span>40℃下完全溶解后再使用。
·溶解液Ⅰ,Ⅱ的混合液在室溫下保存超過(guò)三個(gè)星期后請(qǐng)不要再使用。*1溶解液Ⅰ,Ⅱ以外的試
劑請(qǐng)?jiān)?/span>4℃下保存。
·使用本公司的核酸自動(dòng)抽提裝置MFX-2000的情況下,請(qǐng)?jiān)谥付ǖ钠恐凶⑷氡匾膭┝,置于指定部位。詳?xì)方法請(qǐng)參考MFX-2000的使用說(shuō)明書(shū)。
 
[4] 操作程序      
 
1.試劑盒以外所需要的其他物品
1)試劑
·滅菌水(蒸餾水或者milliQ水經(jīng)過(guò)高溫高壓濕熱滅菌)
·乙醇溶液(99.5%以上的特級(jí)品,使用手動(dòng)法的時(shí)候用70%
的乙醇溶液)
2)器具·器材
       ·微量移液器
       ·微量移液器用的tip頭
使用MFX-2000的場(chǎng)合,必須配備以下物品。
       ·抽提專用試管(Code No:MFX-301)
       ·抽提專用6連試管(Code No:MFX-302)
       ·附帶專用過(guò)濾器的tip頭(Code No:MFX-402)
 
*1 有時(shí)plasmid DNA的回收量及純度會(huì)發(fā)生降低。

 
       ·試劑設(shè)置用試管(50ml用,15ml用,2ml用*1
使用手動(dòng)法的場(chǎng)合,必須配備以下物品
       ·1.5ml小型試管用的磁性臺(tái)架(商店有售)
       ·漩渦混合器或者小型試管混合器
       ·簡(jiǎn)易臺(tái)式離心機(jī)(12,000r.p.m.)
 
2.抽提流程
MagExtractor -Plasmid-通過(guò)以下五個(gè)工序?qū)lasmid DNA進(jìn)行抽提和純化。
              ①集菌
②堿溶菌
③中和
④通過(guò)磁珠Ⅰ去除菌體殘?jiān)?/span>
⑤通過(guò)磁珠Ⅱ分解,純化Plasmid DNA
使用MagExtractor -Plasmid-和MFX-2000時(shí),上述的②~⑤可成為自動(dòng)化操作。
 
3.宿主菌的培養(yǎng)
       培養(yǎng)含Plasmid DNA的大腸桿菌。培養(yǎng)基可使用和通過(guò)LB,TB等堿性SDS法等方法來(lái)抽提Plasmid DNA的時(shí)候同樣的培養(yǎng)基。由于Plasmid的回收量受拷貝數(shù)量以及菌體數(shù)量影響,推薦使用使MagExtractor -Plasmid-能夠使回收量更加穩(wěn)定的MMI培養(yǎng)基。使用MMI培養(yǎng)基的情況下,菌體量和TB的情況等同(JM109 / pUC18,50μg / ml氨芐青霉素9~11O.D.)。
       MMI培養(yǎng)基的配制方法
       |←蒸餾水800ml
         |13g Bacto trypton
         |25g Bacto yeast extract
         |8.5g NaCl
         |4ml 丙三醇
         |20ml 1M Tris-HCIpH7.2
         | 加蒸餾水到1000ml
         | 高溫高壓濕熱滅菌
 
*1 50ml,15ml試管請(qǐng)使用BECTON DICKINSON公司生產(chǎn)的BLUE MAX
2170,BLUE MAX 2196,2m試管請(qǐng)使用本公司生產(chǎn)的NO.72.693。

 
4.集菌
       使用MagExtractor -Plasmid-能夠處理的菌體量在手動(dòng)法時(shí)是12~13O.D.,使用MFX-2000時(shí)是5~9 O.D.。根據(jù)菌體量和抽提方法的不同所引起的回收量的不同可以參考下圖所示。在使用MFX-2000處理10 O.D.以上的劑量時(shí),有可能會(huì)無(wú)法進(jìn)行充分的攪拌(pipetting),使得純度下降,請(qǐng)務(wù)必注意。使用angle rotor對(duì)1.5ml試管進(jìn)行集菌時(shí),菌體量請(qǐng)按照?qǐng)D2所示為標(biāo)準(zhǔn)。
       ·請(qǐng)將培養(yǎng)液置于1.5ml試管中。
       ·請(qǐng)用12,000rpm離心分離2min。
       ·請(qǐng)仔細(xì)去除上清部分。

 
 
手動(dòng)法
MFX-2000

                                          菌體量(O.D.)
       圖1:菌體量的不同引起的回收量的變化(JM109 / pUC18,MMI培養(yǎng)液)
                                    過(guò)少    適量     過(guò)多
圖2:菌體量的標(biāo)準(zhǔn)

 
5.試劑的制備
·溶解液
       請(qǐng)按照4:1(v:v)的比例對(duì)試劑盒中的溶解液Ⅰ*1,Ⅱ進(jìn)行混合。請(qǐng)將此混合液在室溫下保存,三周后請(qǐng)勿繼續(xù)使用*2。通過(guò)手動(dòng)法抽提的時(shí)候需要150μg / 樣品。使用MFX-2000的時(shí)候,請(qǐng)參考第九頁(yè)的表【各試劑的使用劑量標(biāo)準(zhǔn)】進(jìn)行制備。
       ·70%乙醇溶液
       只有在使用手動(dòng)法的時(shí)候使用。需要1500μg / 樣品。
 
6.使用MFX-2000抽提Plasmid DNA的方法
       在使用MFX-2000前,請(qǐng)務(wù)必閱讀MFX-2000的使用說(shuō)明書(shū)。使用抽提程序中的”Dryup”或”Fullauto”程序時(shí),需要有加溫的功能*3。請(qǐng)使用標(biāo)準(zhǔn)式樣(加溫,簡(jiǎn)易保溫功能 / Code No.:MFX-102)或者是特殊式樣(加溫,電子冷卻功能 / Code No:MFX-103)。
1)操作程序的選擇
       MFX-2000中準(zhǔn)備了4種可供抽提Plasmid DNA用的操作程序。選擇其中一個(gè),將其號(hào)碼輸入在液晶畫(huà)面中。
       ·一次操作只能選擇其中一個(gè)操作程序。
       ·下表的抽提時(shí)間不包含分裝時(shí)間。實(shí)際的抽提時(shí)間根據(jù)樣品不同
會(huì)有所變化,以下表的抽提時(shí)間 x 樣品數(shù) x 1.25(小時(shí))為標(biāo)準(zhǔn)。
 
號(hào)碼
 
液晶畫(huà)面的第3行顯示的內(nèi)容
 
樣品
抽提
時(shí)間
用途*1
A
B
31
[Plasmid Speedy]
再次懸濁液
10min
*2
32
[Plasmid Dryup]
再次懸濁液
15min
33
[Plasmid Fullauto]
集菌后的菌體
16min
34
[Plasmid Lowcost]
菌體抽提液
6min
 
*1 用途A:用于限制酶處理,轉(zhuǎn)化
用途B:DNA 測(cè)序,或使用回收液超過(guò)50%時(shí)的反應(yīng)。
*2 通過(guò)手動(dòng)法進(jìn)行去除乙醇的操作后便可以進(jìn)行DNA 測(cè)序。
 
*1 有析出物的場(chǎng)合,請(qǐng)?jiān)谑覝亍?0℃中徹底溶解。
*2 Plasmid DNA的回收量和純度有時(shí)會(huì)降低。
*3 如果只使用”Dryup”或”Fullauto”操作程序,請(qǐng)使用基本樣式的
MFX-2000(簡(jiǎn)易保溫功能 / Code:MFX-101)。
 
·操作程序 “31:Speed”
適用于限制酶處理以及轉(zhuǎn)化用Plasmid DNA的制備。將再次懸濁液置于MFX-2000中,大約在10min / 樣品下抽提出Plasmid。
·操作程序 “32:Dryup”    “33:Fullauto”
適用于DNA 測(cè)序用Plasmid DNA的制備。處理較多菌體(7~9O.D.)時(shí)適合使用針對(duì)再次懸濁液的 “32:Dryup”,處理較少菌
時(shí)(5~6O.D.)時(shí)適合使用針對(duì)集菌后的菌體的“33:Fullauto”。
·操作程序 “34:Lowcost”
使用通過(guò)以下的操作設(shè)置處理過(guò)的樣品。由于僅使用專用試管1個(gè)/樣品(其他操作程序時(shí)3~4個(gè)),故能夠以較低成本回收Plasmid DNA,
并能夠在6min / 樣品下實(shí)現(xiàn)限制酶處理,以及轉(zhuǎn)化用的Plasmid DNA的制備。
 
集菌后的菌體
|150μl再次懸浮液
| 用漩渦混合器攪拌60sec
|150μl溶解液(溶解液Ⅰ,Ⅱ按41vv)的比例混合后的溶液)
| 反復(fù)顛倒試管5次以實(shí)現(xiàn)攪拌
| 放置于冰上5min
|120μl中和液
| 反復(fù)顛倒試管5次以實(shí)現(xiàn)攪拌
| 放置于冰上5min
| 12,000rpm,10min
設(shè)定MFX-2000
2)加溫block,回收block的溫度設(shè)定*1
 
加溫block
冷卻block
溫度設(shè)定
78℃
10℃
·簡(jiǎn)易冷卻時(shí),冷卻block應(yīng)事先在冷藏庫(kù)或者冷凍庫(kù)內(nèi)冷卻。
3)附帶專用過(guò)濾器的tip頭設(shè)置
       ·請(qǐng)使用附帶專用過(guò)濾器的tip頭(Code No:MFX-402)
       ·tip已通過(guò)γ射線滅菌。戴上手套將需要量專用tip安裝在tip架中。
       ·關(guān)于tip的安裝位置請(qǐng)閱讀MFX-2000的使用說(shuō)明書(shū)。
*1 設(shè)定方法請(qǐng)閱讀MFX-2000的使用說(shuō)明書(shū)。

 
·將需要量專用tip安裝在tip架中。
             
 
tip數(shù)
 
tip數(shù)
操作程序號(hào)
31
32
33
34
操作程序號(hào)
31
32
33
34
樣品數(shù)
1
10
11
11
5
樣品數(shù)
13
61
74
74
26
2
13
15
15
6
14
64
78
78
27
3
16
19
19
7
15
67
82
82
28
4
19
23
23
8
16
70
86
86
29
5
27
32
32
12
17
78
95
95
33
6
30
36
36
13
18
81
99
99
34
7
33
40
40
14
19
84
103
103
35
8
36
44
44
15
20
87
107
107
36
9
44
53
53
19
21
95
116
116
40
10
47
57
57
20
22
98
120
120
41
11
50
61
61
21
23
101
124
124
42
12
53
65
65
22
24
104
128
128
43
 
4)專用試管的設(shè)置
·請(qǐng)將專用試管設(shè)置在抽提架中。擺放位置根據(jù)操作程序的不同
而有所差異,請(qǐng)按照下表放置試管。
操作程序號(hào)
擺放場(chǎng)所
31~33
A. B. C. D. E. F
34
A. B. C. D
 
·請(qǐng)對(duì)加溫block(只限于操作程序32,33),回收block設(shè)置所需樣品數(shù)。
·對(duì)抽提架的A~F以及加溫block,請(qǐng)勿使用專用試管以外的其他
試管。否則有可能會(huì)產(chǎn)生故障。
·對(duì)于回收block,請(qǐng)使用Assist公司的No.72.730試管。*1
*1 對(duì)于回收block,除了MFX-2000專用試管外,帶螺旋式蓋的1.5ml試管Assist試管No.72.692等也能使用。由于回收液中會(huì)有不同程度的磁珠殘留,回收液超過(guò)50%的場(chǎng)合下,請(qǐng)對(duì)這些試管進(jìn)行12,000rpm×2min的離心操作(如果回收液在反應(yīng)液中的比例小于50%則不會(huì)存在問(wèn)題。)

 
5)試劑的設(shè)置
·本試劑盒內(nèi)不含有滅菌水和乙醇溶液(99.5%以上的特級(jí)品),請(qǐng)
自己準(zhǔn)備。
·請(qǐng)準(zhǔn)備50ml容量試管FALCON 2170,15ml容量試管FALCON
2196,2ml容量試管Assist試管No.72.694。*1
·根據(jù)樣品數(shù)的不同所需的試劑量也會(huì)不同。請(qǐng)根據(jù)第九頁(yè)的表,在
指定試管內(nèi)注入所需試劑的必要?jiǎng)┝俊?/div>
·注入試劑時(shí)請(qǐng)以試管上的刻度為標(biāo)準(zhǔn)。
·視操作程序,有可能不需要安裝某些試劑。
·將各試管放置在試劑架中。請(qǐng)將磁珠Ⅰ,Ⅱ再次搖勻,放置
在試劑架處。磁珠設(shè)置好后,請(qǐng)立刻啟動(dòng)裝置(10分鐘以內(nèi))。
(否則將產(chǎn)生回收量參差不齊及操作故障。)
·抽提后剩下的試劑可以再次使用(可追加減去的量并設(shè)置在MFX-2000上)。如果不再接下去使用,請(qǐng)將蓋子蓋好保存。如果長(zhǎng)時(shí)間處于蓋子打開(kāi)狀態(tài),液體的組成成分有可能會(huì)起變化。
·使用的劑量請(qǐng)不要超過(guò)第九頁(yè)表中記載的規(guī)定劑量。這是造成試管
塞污染以及液體溢出的原因。
*1 使用其他物品會(huì)造成儀器運(yùn)作不穩(wěn)定。
                                                                                               【樣品數(shù)在1~12時(shí)的試劑使用劑量】
試劑名
試管容量
分裝量(ml)
設(shè)置
位置
操作程序號(hào)
31
32
33
34
吸附液
50ml
25
25
25
25
1
滅菌水
50ml
25
25
25
25
2
乙醇溶液
50ml
25
25
25
25
6
磁珠Ⅰ
2ml
1.5
1.5
1.5
不要
7
磁珠Ⅱ
2ml
1.5
1.5
1.5
1.5
8
再次懸濁液
15ml
不要
不要
5
不要
9
溶解液
15ml
5
5
5
不要
10
中和液
15ml
5
5
5
不要
11
溶出液
15ml
5
5
5
5
12
 
【樣品數(shù)在13~24時(shí)的試劑使用劑量】
試劑名
試管
容量
分裝量(ml)
設(shè)置
位置
操作程序號(hào)
31
32
33
34
吸附液
50ml
25
25
25
25
1
滅菌水
50ml
25
25
25
25
2
乙醇溶液
50ml
50
50
50
50
6
磁珠Ⅰ
2ml
1.5
1.5
1.5
不要
7
磁珠Ⅱ
2ml
1.5
1.5
1.5
1.5
8
再次懸濁液
15ml
不要
不要
5
不要
9
溶解液
15ml
5
5
5
不要
10
中和液
15ml
5
5
5
不要
11
溶出液
15ml
5
5
5
5
12
 
6)樣品的前處理及其設(shè)置
       根據(jù)操作程序需要對(duì)以下樣品進(jìn)行前期處理。
       ①使用程序31,32時(shí)
              集菌后的菌體
                   |150μl再次懸濁液
                   | 用漩渦混合器攪拌60sec
                   置于樣品孔
②使用程序33時(shí)
       ·把集菌后的菌體原樣放入樣品孔。
③使用程序34時(shí)
       集菌后的菌體
         |150μl再次懸濁液
         | 用漩渦混合器攪拌60sec
         |150μl溶解液(溶解液Ⅰ,Ⅱ按4:1v:v)比例混合后的溶液)
         | 反復(fù)顛倒試管5次以攪拌
         | 放置于冰上5min
         |120μl中和液
         | 反復(fù)顛倒試管5次以攪拌
         | 放置于冰上5min
         | 12,000rpm,10min
         置于樣品孔*1
 
·將樣品放入樣品孔時(shí),請(qǐng)保持試管蓋開(kāi)啟狀態(tài)(1~24號(hào)樣品的樣
品孔上印有號(hào)碼)。
·樣品試管使用通常的1.5ml試管時(shí),請(qǐng)先用剪子如下圖所示進(jìn)行剪斷后再使用。剪斷的時(shí)候請(qǐng)務(wù)必注意安全。
 
                                                               請(qǐng)?jiān)诖颂幖魯?/div>
  
*1 菌體殘?jiān)粼谠嚬鼙谏蠒r(shí),試管仍然可以繼續(xù)使用。由于rotor有時(shí)會(huì)使得菌體殘?jiān)粼谠嚬艿撞,所以?qǐng)將上清液置于其他試管后再進(jìn)行使用。
7)抽提開(kāi)始
·請(qǐng)確認(rèn)樣品,試劑試管(試劑量),試管種類,專用tip等是否已
按說(shuō)明書(shū)所示安裝完畢。
·抽提之前,請(qǐng)先將tip廢棄盒清空。
·確認(rèn)各臺(tái)架的安裝位置(鎖定),確認(rèn)操作臺(tái)是否已完全收納到里
面,并將前門關(guān)閉。
·在液晶畫(huà)面上輸入操作程序的號(hào)碼以及樣品數(shù)。
·確認(rèn)顯示有“請(qǐng)按下開(kāi)始鍵”的畫(huà)面內(nèi)容后,按下“START”
按鍵。
·抽提操作開(kāi)始時(shí),液晶畫(huà)面會(huì)顯示“操作中”字樣。
·手伸進(jìn)驅(qū)動(dòng)部位會(huì)有危險(xiǎn),因此操作中請(qǐng)務(wù)必關(guān)好前門,不要開(kāi)啟。
 8)樣品回收
·所有抽提操作結(jié)束后,會(huì)再次顯示“請(qǐng)按下開(kāi)始鍵”字樣的畫(huà)面。
·抽提的DNA被回收block上的試管回收。確認(rèn)裝置完全停止運(yùn)行
后,從回收block塊上取出試管,將其在低溫(4~10℃)下保存,直至使用為止。
·如果回收液中混入少量的磁珠,仍可以直接使用。
·從加溫block上取出試管時(shí),請(qǐng)確認(rèn)加溫block的開(kāi)關(guān)是否已關(guān)閉并且溫度已下降至40℃以下。如果在加溫block尚熱的時(shí)候去取試管,有可能發(fā)生燙傷。
9)通過(guò)手動(dòng)法抽提plasmid DNA的方法
       ①操作程序Ⅰ(限制酶處理,轉(zhuǎn)化等級(jí))
       集菌后的菌體
|150μl再次懸濁液
| 用漩渦混合器攪拌60sec
|150μl溶解液(溶解液Ⅰ,Ⅱ按4:1(v:v)比例混合后的溶液)
| 反復(fù)顛倒試管5次以攪拌
| 放置于冰上5min
|120μl中和液
| 反復(fù)顛倒試管5次以攪拌
| 放置于冰上5min
| 12,000rpm,5min
         | 將上清液放入新的1.5ml試管中
         |500μl吸附液
         |30μl磁珠Ⅱ(反復(fù)顛倒攪拌,使其均勻混合)
         | 攪拌60sec *1
         | B/F分離 *2
         |720μl70%乙醇溶液
         | 攪拌30sec                                     重復(fù)兩次
         | B/F分離
         |50μl溶出液
         | 攪拌60sec
         | 12,000rpm,5min
         | B/F分離
         上清液
 
       ②操作程序Ⅱ(DNA 測(cè)序等級(jí))
       集菌后的菌體
|150μl再次懸濁液
| 用漩渦混合器攪拌60sec
|150μl溶解液(溶解液Ⅰ,Ⅱ按4:1(v:v)比例混合后的溶液)
| 反復(fù)顛倒試管5次以攪拌
| 放置于冰上5min
|120μl中和液
| 反復(fù)顛倒試管5次以攪拌
 
 
*1 將攪拌強(qiáng)度設(shè)為最大,在室溫下用漩渦混合器或試管混合器進(jìn)行攪
拌。
*2 將試管置于磁性臺(tái)架上,磁珠靠近磁石,多次顛倒混合,使得蓋子
上的磁珠完全貼近磁石。然后,輕輕震動(dòng)磁性臺(tái)架,使得粘在蓋子上
的溶液摔落下來(lái)。用微量移液器吸棄上清部分。

 
| 放置于冰上5min
| 12,000rpm,5min
         | 將上清液放入新的1.5ml試管中
         |500μl吸附液
         |30μl磁珠Ⅱ(反復(fù)顛倒攪拌,使其均勻混合)
         | 攪拌60sec
         | B/F分離
         |720μl70%乙醇溶液
         | 攪拌30sec                                     重復(fù)兩次
         | B/F分離
         |500μl乙醇溶液
         | 攪拌30sec
         | B/F分離
         | 78℃,15min(使磁珠干燥)
         |50μl溶出液
         | 攪拌60sec
         | 12,000rpm,5min
         | B/F分離
         上清液
 
[5] 一般樣品的分析
(1)A260,A280,A320的測(cè)定
·請(qǐng)將回收液瞬時(shí)高速離心后進(jìn)行測(cè)定。
·請(qǐng)用TE緩沖液的10~30倍稀釋后進(jìn)行測(cè)定。
(2)電泳
·5x Loading Dye:樣品:電泳緩沖液=按2:3:5~2:7:1比
例稀釋。
(3)DNA 測(cè)序
·按照操作程序32,33抽提出的DNA以及按照手動(dòng)操作程序Ⅱ抽提出的DNA,請(qǐng)使用5~10μl用于反應(yīng)。
·按照操作程序31,34抽提出的DNA以及按照手動(dòng)操作程序Ⅰ抽提出的DNA,其中混有10%濃度的乙醇溶液,會(huì)阻礙測(cè)序反應(yīng),請(qǐng)先去除乙醇。
·將樣品15μl注入到0.5ml試管內(nèi)。
·以78℃的溫度加溫直至液體蒸發(fā)完(約15min),然后用此試管混
合反應(yīng)液。
[6] 疑難解答
1.使用MFX-2000的場(chǎng)合     
(1)plasmid DNA的回收量少,純度差
原因
對(duì)策
試劑量不足
在C, D, E孔中B/F分離后會(huì)分別剩下800μl,720μl及720μl 左右的試劑。如果此溶液量過(guò)少的話,則原因是使用的試劑量不足。請(qǐng)加液到規(guī)定劑量。如果回收液過(guò)少或者沒(méi)有,有可能是沒(méi)有安裝溶出液或溶出液少的緣故。
樣品量過(guò)多
A, B孔的抽提試管中剩有50μl以上的液體時(shí),可能是因?yàn)榫w量過(guò)多,無(wú)法用專用tip吸走。請(qǐng)使用9 O.D.以下的菌體。
2.使用手動(dòng)操作的場(chǎng)合
(1) plasmid DNA的回收量少
原因
對(duì)策
磁珠Ⅱ的使用量過(guò)少
請(qǐng)使用磁珠Ⅱ的規(guī)定劑量。
吸附液的使用量過(guò)少
請(qǐng)使用吸附液的規(guī)定劑量。
用70%以下濃度的乙醇溶液清洗磁珠,或者清洗時(shí)間過(guò)長(zhǎng)
請(qǐng)用70%乙醇溶液洗凈。清洗請(qǐng)不要超過(guò)1min。
溶出液過(guò)少
請(qǐng)使用50μl以上的溶出液。
Plasmid DNA的拷貝數(shù)過(guò)少
使用手動(dòng)法的情況下,請(qǐng)?jiān)黾映樘嵋?guī)模。菌體量,試劑的使用量可以增加至2倍。不過(guò)溶出液也會(huì)因此而增加,故回收濃度不會(huì)上升。
 

 
(2)Plasmid DNA純度差
      
原因
對(duì)策
菌體的溶解,殘?jiān)哪酃ば虿荒苷_M(jìn)行
請(qǐng)使用規(guī)定的溶解工序時(shí)間及溶解液劑量。此工序下的純度如果偏低,吸附·洗凈時(shí)的磁珠就會(huì)難以分散,回收液的純度也會(huì)因此變差。
用70%以上濃度的乙醇溶液來(lái)清洗磁珠,或者洗凈時(shí)間過(guò)短。
請(qǐng)用70%乙醇溶液清洗,直至磁珠完全分散(1min)。
 
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