危害識(shí)別步驟涉及確定一種健康危害是或者可能是與食品中的生物學(xué)、化學(xué)或物理學(xué)因素有聯(lián)系的。該步驟一般依靠篩查方法和長、短期細(xì)胞或者動(dòng)物試驗(yàn)。試驗(yàn)系統(tǒng)包括定量的結(jié)構(gòu)-活性關(guān)系、短期生物學(xué)測試和動(dòng)物試驗(yàn)。該步驟產(chǎn)生的可能結(jié)果是：就所研究的因子被認(rèn)為是或不是一種對人體健康的危害因素。其不確定性包括對因子的正確分類（如它是或者不是一種對人體健康的危害）和對該因子進(jìn)行分類時(shí)測試的質(zhì)量。如果某因子在評價(jià)中經(jīng)多次測試，它被認(rèn)定為陽性或者陰性，則具有一定程度的測試精確度。例如，用Ames細(xì)菌回變試驗(yàn)確定一種化學(xué)物是否具有致突變性。用此方法檢測化學(xué)物的不確定性，在于此試驗(yàn)是否確實(shí)能夠預(yù)測在獲得陽性結(jié)果時(shí)就意味著能在人體產(chǎn)生腫瘤。測試的操作涉及用相同的化學(xué)物重復(fù)檢測或用不同的測試系統(tǒng)分析結(jié)果是否相同。